校党委书记王琦主持学校党委工作，负责保密、国家安全、法治、校友、基金会等工作。分管党政办公室（校友工作办公室）、教育基金会。
校长翁建平主持学校行政工作，负责发展规划、审计等工作。分管发展规划处（高水平大学建设办公室）、审计处、健康大数据与群体医学研究所。联系公共卫生学院。
副校长余永强负责第一临床医学院党委、研究生教育、医院管理、国际合作交流、国际学生教育等工作。分管研究生学院（研究生工作部、学位办公室）、医管处（医院工作部）、第五临床医学院、校医院、国际合作交流处（港澳台事务办公室）。联系卫生管理学院、国际教育学院、第一临床医学院（第一附属医院、省公共卫生临床中心、省传染病医院、北京安贞医院安徽医院）、第二临床医学院（第二附属医院）、巢湖临床医学院（附属巢湖医院）、附属阜阳医院、临床医学院。
副校长吕雄文负责本科教育教学、继续教育、图书、出版、档案、数据信息、实验动物等工作。分管教务处（招生办、课程思政中心）、医学高等教育研究所（教师教学能力发展中心、教学质量评估中心）、实验教学中心、实验动物中心、网络与信息化管理处、图书馆、数据信息中心（档案馆、校史研究所）、继续教育管理办公室、继续教育学院、出版中心。联系药学院、人文医学学院、法学院、临床药理研究所。
校纪委书记黄新美主持学校纪委工作。分管纪委办公室（省监委驻校监察专员办公室）、巡察办。
副校长徐朝阳负责人事、财务、资产、资产经营、招投标、后勤、保卫、安全生产、南校区管理、东校区管理等工作。分管人事处（教师工作部）、财务处、国有资产管理处（实验室与设备管理处）、招投标管理办公室、资产经营公司、后勤管理处（后勤集团）、保卫处（武装部、综治办）、南校区管委会、东校区管委会、附属小学。联系生命科学学院、口腔医学院（附属口腔医院、省口腔医院）。
学术副校长张智负责科研、学生教育与管理、共青团、创新创业等工作。分管科技产业处、创新创业学院、省转化医学研究院、科研实验中心、学生处（学工部、就业指导中心）、团委（大学生艺术教育中心）。联系基础医学院、精神卫生与心理科学学院。
党委常委李阳新负责组织建设、干部队伍建设、宣传思想文化、意识形态、精神文明建设、思想政治教育、机关党的建设等工作。分管组织部（党校）、宣传部（新闻中心）、机关党委（机关工作处）。联系马克思主义学院、生物医学工程学院。
党委常委顾秀平负责统战、离退休、工会等工作。分管党委统战部、离退休教职工党委（离退休人员工作处）、工会。联系护理学院。